方舟子在中国进行转基因科普教育以便转基因食品能顺利推广，他一方面要描绘转基因食品的美好前景，另一方面又要消除民众对转基因“杀死虫子杀不死人”的担忧。
方舟子在推转基因时首先打出“转基因食品减少农药残留，更健康更环保”等理念，他经常在报纸和电视上现身说法，称自己在美国吃了多少转基因食品，自己如何青睐转基因食品。在《我为什么选择转基因食品》一文里，方舟子说：“转基因食品比较安全。和同类作物相比，抗虫害转基因作物能大量地减少农药的使用，也就比较不用担心农药残留的问题。而且，转基因食品受到了更严格的监管，风险其实要比传统作物更低。”
方舟子在文章中指出，转基因食品更为环保。种植转基因作物少洒了大量的农药。这既减轻了农药对环境的污染，又减少了用于生产、运输、喷洒农药所耗费的原料、能源和排出的废料，还保护了益虫和其他生物，减少了人畜接触杀虫剂而中毒的危险。
另一篇文章《转基因其实很环保》中，方舟子同样指出这个道理，抗虫害转基因作物由于天生就能抵抗主要害虫的侵袭，种植它们大幅度地减少了农药的使用，减轻了农药对环境的污染和对生态的破坏，又减少了用于生产、运输、喷洒农药所耗费的原料、能源和排出的废料。
为了突出转基因食品的优点，方舟子还特意将转基因食品与非转基因食品作对比：“转基因食品不仅是安全的，而且往往要比同类非转基因食品更安全。种植抗虫害转基因作物能不用或少用农药，因而减少或消除农药对食品的污染，而大家都知，农药残余过高一直是现在食品安全的大问题。”《方舟子：为什么说吃转基因食品是更加安全的》
目前，世界上商业化种植的转基因作物主要就是两大类，抗除草剂和抗虫转基因作物。方舟子提到的抗虫转基因作物是转入BT基因（苏云金芽孢杆菌），使得植物本身表达BT蛋白，取代BT农药的作用。这类转基因作物在种植可以减少了BT农药的使用量，但不会减少其他农药的使用量。这与Bt毒素的专杀性有关，一般Bt毒素对绝大多数是鳞翅目昆虫有杀伤力。方舟子说，抗虫转基因作物能减少农药用量，所指的就是这种Bt类农药，方舟子说这种转基因作物能减少人畜接触杀虫剂而中毒的危险，这实际等于承认这类的“Bt杀虫剂”对环境对人体是有毒的。
当方舟子要消除转基因食品“杀死虫子”而引起的民众恐慌时，他又搬出另一套科学理论，在他的科普文章《虫都不吃，人可以吃》里，方舟子这样写道：美国使用Bt内毒素作为生物农药已有几十年的历史，大面积种植含Bt基因的抗虫害转基因作物也已有十来年的历史，迄今未发现一例人畜因吃这种作物中毒的。用老鼠和绵羊做的实验也表明吃Bt内毒素不会影响哺乳动物的身体健康。
BT内毒素的生物农药怎么一下子无毒了？
关于Bt生物农药，它主要是BT菌或者BT菌的提取物，能够杀虫的主要是BT毒蛋白，而转基因作物中杀虫的也是BT毒蛋白。关于杀虫原理，我们引用方舟子的科普： “Bt毒蛋白来自于苏云金芽孢杆菌（简称Bt），是杆菌芽孢中分泌的一种蛋白质晶体，这种内毒素是无毒的。”《方舟子：虫都不吃人可以吃》
方舟子一会说BT内毒素无毒，一会说BT内毒素农药有毒，到底有没有害？反正方舟子说了算，他是13亿人转基因主粮的安全顾问。
我们可以看到方舟子的逻辑：当要强调转基因食品比传统食品更安全更环保时，方舟子就搬出BT农药有害这套说辞；当为了消除民众对转基因食品安全性的担忧时，方舟子则搬出BT内毒素对人体无害这套科学理论，这是方舟子推销转基因食品的一对矛和盾，所向无敌。
转基因技术的原理，不过是把BT基因转入植物体内使这种植物能直接表达BT蛋白，这等于是把植物体本身变为“农药的加工厂”。转基因食品虽然减少农药的残留，但是他是直接生产BT农药的主要成份---BT毒蛋白。方舟子为转基因食品作安全性的辩护时，一再强调这种农药使用几十年没有中毒现象，我们应该要明白，对Bt安全性的评估是作为农药而非食品使用的，这就像一张桌子使用几百年也不会对人体有害，但是你吃进肚子就难保没问题。不仅方舟子，转基因专家也一样，他们将农药使用安全来说明直接食用这种农药成分是安全的，这个逻辑是本身有些站不住脚。
抗虫转基因作物减少了杀虫剂的使用，这对环境是一个好处。但是，我们必须面对农作物自身中的BT这种人类不得不接触的新的杀虫剂，而且转基因食品中的BT浓度远大于BT农药中的浓度。更何况方舟子自己也说，抗虫的BT转基因作物减少的这部分农药对人体是有毒有害的。
转基因作物商业化推广十几年的进程证明，转基因作物降低农药投入，是早已破灭的神话。美国农业部和美国国家科学院等机构的报告指明，转基因作物商业化种植以来，农药肥料等化工产品用量不但没降低，反而增加很多。中国的转基因作物也证明这点，中国农业科学院植物保护研究所所长的吴孔明在《科学》杂志上发表的文章，中国大面积种植转基因棉花造成盲蝽大爆发，次生害虫成主要害虫，农药用量不断增加。环保部南京科学研究所研究员王长永调查发现，转基因木瓜亩产只高于常规木瓜11.5%左右，但是，使用的肥料、农药却分别高出传统木瓜18.5% 、184.6% 。
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金微
2011-5-11http://blog.sina.com.cn/s/blog_4925873e0100r5zf.html